Atlas ujawnił nowy mechanizm regulujący inwazyjność złośliwych guzów mózgu

FARMAKOTERAPIA

Autor: PAP   05-07-2021, 18:03

Atlas ujawnił nowy mechanizm regulujący inwazyjność złośliwych guzów mózgu Atlas dostarcza ogromnego zbioru danych, które można wykorzystać do kolejnych analiz i porównań z istniejącymi i nowymi zbiorami danych. Pozwoli to na nowe odkrycia i lepsze zrozumienie mechanizmów rozwoju glejaków (fot. Pixabay)

Powstał pierwszy atlas aktywnych elementów regulatorowych w glejakach, który umożliwił identyfikację funkcjonalnych wzmacniaczy ekspresji i promotorów w próbkach pacjentów.

Pierwszy kompleksowy „Atlas obszarów regulatorowych aktywnych w glejakach o różnym stopniu złośliwości”, który ujawnił zaburzenia ekspresji genów i nowy mechanizm regulujący inwazyjność złośliwych guzów mózgu, opracowali naukowcy z PAN i UW.

Wyniki ich badań zostały opublikowane w czerwcu w „Nature Communications”.

Naukowcy zebrali unikalną kolekcję próbek

W badania zaangażowani są naukowcy z Instytutu Nenckiego PAN, Uniwersytetu Warszawskiego oraz Instytutu Podstaw Informatyki PAN.

Współpracując z neurochirurgami z warszawskich ośrodków klinicznych naukowcy zebrali unikalną kolekcję próbek i przeprowadzili kompleksową, całogenomową analizę wzorców epigenetycznych w próbkach guzów łagodnych i złośliwych.

"Porównanie wzorców pozwoliło wskazać konkretne procesy powiązane ze złośliwością glejaków. W projekcie po raz pierwszy zbadano jednocześnie wzorce otwartości chromatyny, stanu histonów, metylacji DNA i ekspresji genów w ponad 30 próbkach guzów mózgu. Wykorzystano wszystkie wskazówki molekularne, aby zidentyfikować elementy regulatorowe, takie jak promotory, które kontrolują ekspresję sąsiednich genów i wzmacniacze, które sterują ekspresją odległych genów" - czytamy w informacji prasowej przekazanej PAP przez Instytut Biologii Doświadczalnej im M. Nenckiego PAN.

 

Glejaki są guzami mózgu, w których często dochodzi do zaburzenia kontroli ekspresji genów, co powoduje niekontrolowany rozrost guza i zaburzenia funkcji mózgu. Złośliwe glejaki najczęściej występują u osób starszych, są odporne na standardową terapię i dlatego mają bardzo złe rokowania. Łagodne glejaki występują głównie u dzieci i mają lepsze rokowania, choć nieleczone, mogą przekształcić się w złośliwe nowotwory.

- Rozregulowanie ekspresji genów wynikające z nieprawidłowego przebiegu procesów epigenetycznych często towarzyszy rozwojowi nowotworów. Dodatkowo ze względu na ich odwracalność oraz możliwość stymulacji czynnikami zewnętrznymi, procesy epigenetyczne mają duży potencjał kliniczny - podkreśla dr Magdalena Machnicka z Instytutu Informatyki UW, jedna z trzech pierwszych autorów artykułu w "Nature Communications", cytowana w komunikacie na stronie internetowej UW.

Stworzony przez naukowców atlas, do którego można uzyskać dostęp za pośrednictwem serwera internetowego, pozwala lepiej zrozumieć znaczenie niekodujących regionów genomu, które są aktywne w mózgu. Ujawnił też nowe mechanizmy sterujące nowotworzeniem w guzach mózgu.

Pierwszy, kompleksowy atlas aktywnych elementów regulatorowych w glejakach

- Nasze badania doprowadziły do powstania pierwszego, kompleksowego atlasu aktywnych elementów regulatorowych w glejakach, który umożliwił identyfikację funkcjonalnych wzmacniaczy ekspresji i promotorów w próbkach pacjentów. To kompleksowe podejście ujawniło wzorce epigenetyczne, wpływające na ekspresję genów w łagodnych glejakach oraz nowy mechanizm powiązany ze złośliwością guzów, obejmujący ścieżkę sygnałową kierowaną przez czynnik FOXM1 i kontrolująca inwazyjność i migracje komórek glejaka - podkreślają dr Karolina Stępniak i dr Jakub Mieczkowski, główni autorzy publikacji, cytowani w informacji prasowej Instytut Biologii Doświadczalnej im. M. Nenckiego PAN.

- Atlas dostarcza ogromnego zbioru danych, które można wykorzystać do kolejnych analiz i porównań z istniejącymi i nowymi zbiorami danych. Pozwoli to na nowe odkrycia i lepsze zrozumienie mechanizmów rozwoju glejaków - uważają badacze.

Interdyscyplinarny projekt Symfonia 3 pt. "Atlas obszarów regulatorowych specyficznych dla mózgu ludzkiego - nowe narzędzie odkrywania ścieżek powodujących wybrane choroby mózgu" jest realizowany przez zespoły prof. Bożeny Kamińskiej z IBD im. M. Nenckiego PAN, dr. hab. Bartosza Wilczyńskiego z Wydziału Matematyki, Informatyki i Mechaniki UW oraz dr. Michała J Dąbrowskiego z Instytutu Podstaw Informatyki PAN.

 

Podobał się artykuł? Podziel się!
comments powered by Disqus

POLECAMY W PORTALACH