Wydawało się, że z powodu powinowactwa z SARS: podobieństwa genetycznego, podobnego sposobu transmisji wirusa (droga powietrzna), podobnych objawów (zapalenie płuc), wykorzystywania tego samego receptora do wnikania do ludzkich komórek, będzie można uznać, że mamy do czynienia z tym samym wirusem.

Okazało się jednak, że nowy koronawirus - SARS-CoV-2 jest genetycznie jeszcze bardziej zbliżony do innego koronawirusa - sekwencja wirusa była w około 96% identyczna z koronawirusem ZC45 (bat-SL-CoV ZC45) pierwotnie stwierdzonym u nietoperza z gatunku Rhinolophus affinis.

Jednak wirusy takie jak ZC45, choć podobne do SARS, nie są w stanie zarażać ludzi, ponieważ ich białko S nie jest w stanie związać ludzkiego białka ACE-2 stosowanego przez koronawirusa SARS jako receptor. Białko S wirusa SARS różni się od glikoproteiny S koronawirusa zakażającego nietoperze (bat-SL-CoV ZC45, SL-CoV) przede wszystkim delecją aminokwasów w regionie rozpoznającym receptor (RBD). Delecja (ubytek) ta powoduje niezdolność do oddziaływania wirusa SL-CoV z receptorem ACE2 człowieka i zakażania go.

Ta właściwość ukierunkowała naukowców na tezę, że również w tym przypadku, zanim wirus przełamał barierę gatunkową i przeskoczył na człowieka, wcześniej zaadaptował się do różnych gatunków ssaków.

Dotychczas nie wskazano z całą pewnością, które zwierzę było pośrednim gospodarzem. Najczęściej wskazuje się na szczury bambusowe, węże i pangoliny.

Nietoperze lubią zieleń
Jednak w pewnym momencie całej historii kłopotliwe stało się pochodzenie nietoperzy z gatunku Rhinolophus affinis. Populacja tych ssaków żyjących na wolności znajduje się w prowincji Zhejiang, która jest oddalona o prawie 1000 km od epicentrum pandemii. 

Ten fakt stał się przyczynkiem do tworzenia teorii o laboratoryjnym pochodzeniu koronawirusa, który intencjonalnie lub przez przypadek wydostał się z National Biosafety Laboratory, znajdującego się w Wuhan i przystosowanego do pracy z patogenami. Wirusolodzy wykluczyli to jednak uznając, że nic w sekwencji genomu wirusa nie sugeruje, że został on opracowany w laboratorium.