Wymagało to wykonania powtórnych badań, co opóźniało diagnozę i generowało dodatkowe koszty. Po prostu świadczeniodawcy często dla ograniczenia kosztów wybierali podstawowe, najtańsze metody tej diagnostyki. Problemem jest również brak wzoru standardowego opisu wyniku badania patomorfologicznego. Obowiązujące przepisy nie określają, jakie informacje obligatoryjnie powinien on zawierać. Może to powodować konieczność jego powtórzenia w innych ośrodkach.

NIK zauważa, iż nie wprowadzono systemu sieci konsultacyjnych, które ułatwiłyby diagnozę w trudnych i niejednoznacznych przypadkach. Materiał tkankowy przesyłany byłby do ośrodków posiadających największe doświadczenie w diagnostyce patomorfologicznej. Brakuje jednak regulacji dotyczących finansowania oraz sposobu przekazywania materiałów do konsultacji.

Dodatkowo w blisko 70 proc. skontrolowanych podmiotów badania wykonywano w warunkach niezgodnych z przepisami. Nie spełniono wymagań dotyczących rodzaju pomieszczeń i warunków sanitarno - technicznych. Nieprawidłowości te polegały na m.in. braku pomieszczeń sekcyjnych, pracowni technik specjalnych i cytologicznej lub histopatologicznej oraz sali wydawania zwłok. Zastrzeżenia dotyczyły także np. znacznego wyeksploatowania podłogi i armatury łazienkowej, brudnych ścian i sufitu, niewydolnej wentylacji.

Ponadto w 56 proc. zbadanych jednostek nie przeprowadzano, z wymaganą częstotliwością, badań i pomiarów poziomu stężenia czynnika szkodliwego dla zdrowia w środowisku pracy (formaldehydu). Narażano tym samym zatrudniony personel na jego toksyczne działanie. W okresie objętym kontrolą najwyższe dopuszczalne stężenia formaldehydu przekroczono w czterech podmiotach, a mimo to nie zwiększono częstotliwości wykonywanych badań i pomiarów.