Według dokumentu przygotowanego przez resort finansów, który opublikowano stronie internetowej MF, przychody AOTM pochodzić będą głównie z dotacji budżetu państwa. Na ogólną sumę przychodów planowaną na 10 475 tys. zł dotacje stanowić będą 70,3 proc.

Pozostałe przychody w wysokości 3 110 tys. zł pochodzić mają z wpływów z tytułu opłat za opracowanie ocen raportów, opłat za organizowane szkolenia w ramach działalności statutowej, odsetek oraz środków wynikających z rozliczenia grantu w ramach projektu EUnetHTA trwającego w latach 2009-2012.

Koszty w całości związane są z działalnością statutową związaną m.in. z wydawaniem rekomendacji na zlecenie ministra zdrowia, w sprawie zakwalifikowania świadczeń opieki zdrowotnej jako świadczeń gwarantowanych.