Plan finansowy Funduszu przygotowano i wykonano zgodnie z obowiązującymi przepisami. Nie przekroczono kosztów ogółem ani poszczególnych kategorii kosztów. Mimo wzrostu przychodów plan finansowy na 2019 r. zrealizowano ze stratą wynoszącą niemal 1 mld zł.

Koszty administracyjne NFZ odnotowały wzrost nieznacznie wyższy (11,7%) niż wzrost kosztów realizacji zadań (11,0%). Udział kosztów administracyjnych w kosztach ogółem, jak w latach poprzednich, był niewielki i wyniósł 0,8%, mimo wzrostu najważniejszej kategorii, tj. kosztów wynagrodzeń o 13,3%.

NIK pozytywnie ocenia zmniejszenie, w stosunku do poprzedniego roku, kwoty niesfinansowanych kosztów świadczeń wykonanych ponad limity określone w umowach. Kwota świadczeń ponad wyznaczony limit i nieujętych w księgach rachunkowych Funduszu na dzień ich zamknięcia wyniosła 433 340 tys. zł i była niższa niż rok wcześniej o 32,4%. Jednocześnie Izba zwróciła uwagę na nieadekwatne do potrzeb finansowanie świadczeń dla pacjentów wentylowanych mechanicznie. Kwoty nadwykonań tych świadczeń znacząco wzrosły w ostatnich czterech latach, a tylko połowa oddziałów wojewódzkich Funduszu, na dzień zamknięcia ksiąg rachunkowych za 2019 r., sfinansowała wszystkie świadczenia.

Do dnia zakończenia kontroli nie zostało zatwierdzone sprawozdanie z wykonania planu finansowego Funduszu za 2019 r., które jest sporządzane nie później niż w ciągu 6 miesięcy od zakończenia roku, którego dotyczy. Sprawozdanie powinno zostać przyjęte przez Radę Funduszu w terminie 15 dni od jego otrzymania. W dniu 23 marca 2020 r. wygasła kadencja Rady Funduszu, a do dnia zakończenia kontroli nie ukonstytuowała się nowa Rada. Została ona powołana przez Ministra Zdrowia dopiero 27 lipca 2020 r.

Sprawozdanie okresowe Funduszu za IV kwartał 2019 r. sporządzono nierzetelnie: tabele statystyczne o zrealizowanych świadczeniach są wewnętrznie niespójne, zawierają błędy lub są niekompletne.