"Przyjęte regulacje są oderwane od interesów pacjentów, dla których istotne są niskie ceny leków nierefundowanych oraz pełen asortyment leków. Wydają się uwzględniać interes wąskiej grupy przedstawicieli korporacji aptekarskiej, hurtowni farmaceutycznych oraz dużych koncernów farmaceutycznych" - napisały organizacje w komunikacie.

Ich zdaniem, rozwiązania zawarte w ustawie nieproporcjonalnie wzmacniają korporację aptekarską. Przyjęte w projekcie zmiany idą w odwrotnym, niż wielokrotnie deklarowany przez partię rządzącą, kierunku otwierania korporacji zawodowych.

Korporacja, dodają organizacje, już teraz z niezwykle szerokimi uprawnieniami, a po przyjętych zmianach – o uprawnieniach nieznanych innym samorządom zawodowym w Polsce. Członkowie władz tej korporacji, często sami prowadzący apteki, posiadający już dziś nadzór nad wykonywaniem zawodu (do czego samorząd został powołany), zyskują także wpływ na procesy rynkowe.

Zdaniem ZPP i PharmaNET, znaczną niepewność oraz istotne ryzyko korupcji wykazuje także poprawka, zgłoszona również przez klub PiS, przewidująca, że Minister Zdrowia będzie mógł wyrazić zgodę na wydanie przez wojewódzkiego inspektora farmaceutycznego zezwolenia na prowadzenie apteki ogólnodostępnej z pominięciem ograniczeń demograficzno-geograficznych w przypadku niedookreślonych kryteriów „ważnego interesu pacjentów i konieczności zapewnienia dostępu do produktów leczniczych” wprowadzających pełną uznaniowość; dodatkowo wymagana będzie pozytywna opinia wójta/burmistrza/prezydenta miasta, co może promować lokalne układy.

Przyjęcie ustawy budzi wątpliwości również z uwagi na fakt, że zasada „apteki dla farmaceuty” została już raz uznana za niezgodną z Konstytucją, a ponadto została negatywnie zaopiniowana m.in. przez Komitet Ekonomiczny Rady Ministrów. Dodatkowo negatywne stanowisko wobec całej ustawy wyrazili: Ministerstwo Rozwoju, wicepremier Jarosław Gowin, Prezes UOKiK, renomowane think thanki takie jak Fundacja Republikańska, Instytut Staszica, i dział analiz PKO BP, organizacje pacjentów, organizacje pracodawców oraz liczni konstytucjonaliści m.in. prof. dr hab.