Podstawą finansowania szpitali, które znalazły się w sieci, będzie ryczałt. Jego wysokość wylicza się na podstawie liczby i struktury sprawozdanych w poprzednim okresie świadczeń. W pierwszym kwartale funkcjonowania sieci brane są pod uwagę świadczenia wykonane przez szpital w 2015 roku (ale według ceny obowiązującej w dniu wejścia w życie sieci). Ryczałt jest wyliczony według wzoru określonego w rozporządzeniu, który jest jednakowy dla wszystkich szpitali.

Dodatkowo odrębnie finansowane będą świadczenia szczególnie istotne z punktu widzenia potrzeb pacjentów, np. odbieranie porodów, udzielanie pomocy w razie zawałów serca, programy lekowe, endoprotezy stawu biodrowego i kolanowego czy świadczenia związane z leczeniem onkologicznym.

Ministerstwo Zdrowia przekonywało, że wprowadzenie sieci szpitali zapewni pacjentom lepszy dostęp do poradni przyszpitalnych oraz skróci kolejki na SOR-ach i w izbach przyjęć. Placówki zakwalifikowane do sieci mają zapewniać pacjentom kompleksową opiekę, np. rehabilitację po wyjściu ze szpitala.