W ramach umów w rodzaju leczenie szpitalne w 2009 roku Fundusz finansował 35 programów lekowych (w tym 8 programów onkologicznych i 27 programów nieonkologicznych) oraz trzy kwalifikacje do programów.

Narodowy Fundusz Zdrowia wydatkował na realizację programów zdrowotnych w 2009 roku 1 093 216 894 zł, zgodnie z podpisanymi umowami. Na te świadczenia została zagwarantowana w umowach kwota 1 103 361 297 zł, tj. ok. 1 proc. większa od poniesionych wydatków.

Najwyższą wartość środków wydatkowano na programy terapeutyczne w województwie mazowieckim z kwotą blisko 230 mln zł. Następnymi z kolei województwami, w których wydatkowano największe środki pieniężne są: śląskie (119,5 mln zł) oraz małopolskie
(104,8 mln zł).

Największe środki zostały wydane na leczenie raka piersi (ok. 200 mln zł), co stanowi ponad 18 proc. wszystkich wykonanych świadczeń związanych z programami terapeutycznymi; następnie leczenie WZW (156 mln zł); leczenie przewlekłej białaczki szpikowej (146 mln zł) oraz leczenie stwardnienia rozsianego (110 mln zł),  odpowiednio 14,2 proc., 13,4 proc. i 10 proc.

Dane te nie obejmują środków wydatkowanych przez NFZ na terapie omawianych wskazań w innych rodzajach świadczeń (lecznictwo szpitalne, ambulatoryjna opieka specjalistyczna i podstawowa opieka zdrowotna). Analizie zostały poddane wyłącznie umowy w zakresie lecznictwa szpitalnego na programy zdrowotne.