Jedną z podstawowych zasad dotyczących podatku od towarów i usług, jest tzw. zasada neutralności. „Zgodnie z powołaną zasadą, podatek VAT nie powinien obciążać podatników uczestniczących w obrocie towarami i usługami, którzy nie są ich ostatecznymi odbiorcami, albowiem ciężarem „ogólnego podatku konsumpcyjnego” powinien być obciążony ostateczny beneficjent, czyli konsument jako odbiorca towaru lub usługi na ostatnim etapie obrotu gospodarczego, czyli na etapie sprzedaży detalicznej” – wyjaśnia ŚIA.

Podstawową konsekwencją wskazanej zasady, jest prawo do odliczenia podatku naliczonego od podatku należnego, co stanowi podstawową cechę podatku od wartości dodanej, odróżniającą ten podatek od innych podatków obrotowych. Ograniczenie przez państwo członkowskie prawa do odliczenia podatku przez podatnika, podobnie jak wszelkie odstępstwa od zasady powszechności opodatkowania, powinny mieć charakter wyjątkowy i mogą być wprowadzane jedynie na podstawie wyraźnych przepisów (delegacji) dyrektywy.

Zdaniem aptekarzy, Minister Zdrowia rozporządzeniem z dnia 23 grudnia 2010r. dokonał ustalenia cen urzędowych leków. Ponieważ ceny te stanowią ceny brutto, zawierające w sobie podatek od towarów i usług, Minister Zdrowia ustalając ceny oparł się z jednej strony na ustaleniach dotyczących marży detalicznej (stanowiącej gwarantowany ustawowo przychód przedsiębiorców prowadzących apteki), z drugiej zaś strony na obowiązującej stawce podatku VAT - w wysokości 7%.

Jednakże zgodnie ze zmianami w regulacji dotyczącej podatku od towarów i usług, począwszy od dnia 1 stycznia 2011r., stawka podatku od towarów i usług podwyższona zostanie z poziomu 7% do poziomu 8%.