Zdaniem posłów opozycji, ustawa może uniemożliwić samorządom realizowanie samorządowych programów refundacji in vitro. Chodzi o przepis, który zakłada - jako warunek rozpoczęcia wdrożenia, realizacji i finansowania programu polityki zdrowotnej - konieczność uzyskania pozytywnej albo warunkowo pozytywnej opinii prezesa Agencji Oceny Technologii Medycznych i Taryfikacji (AOTMiT). Ministerstwo Zdrowia odpowiadało, że AOTMiT w zakresie opiniowania programów polityki zdrowotnej jest niezależna od ministerstwa.

W noweli zniesiono ograniczenia dostępności do korzystania z leczenia uzależnień grupom pacjentów cierpiącym na zaburzenia obarczone negatywną oceną społeczną.

Ustawa wejdzie w życie, co do zasady, po upływie 14 dni od dnia ogłoszenia. Przepisy dopuszczające przekazywanie przez Narodowy Fundusz Zdrowia środków na dofinansowanie programów polityki zdrowotnej, realizowanych przez jednostkę samorządu terytorialnego, które obejmują tylko świadczenia gwarantowane, oraz zwolnienie Narodowego Funduszu Zdrowia z obowiązku przeznaczania co najmniej 1,5 proc. kosztów świadczeń opieki zdrowotnej na promocję i profilaktykę chorób, wejdą w życie z dniem następującym po dniu ogłoszenia.