Ingerencja w swobodę działalności
Przeciwko możliwości (lub konieczności) cofnięcia zezwolenia aptecznego przez inspekcję farmaceutyczną na skutek przekroczenia „progu rynkowego” unormowanego w art. 99 Pf opowiadają się niektórzy przedstawiciele doktryny (Świerczyński, 2012, s. 405; Kieszkowska i Łojko, 2004; Kruszyński, 2010; Misiak, 2015), argumentując m.in., że art. 99 Pf „dotyczy sytuacji, jakie mają miejsce przed wydaniem zezwolenia – a nie może stanowić podstawy do działań inspekcji farmaceutycznej podejmowanych ex post” (Kruszyński, 2010).

W opinii oponentów cofania zezwolenia przy przekroczeniu progów z art. 99 Pf, przyznanie inspekcji farmaceutycznej prawa do kontroli fuzji na rynku aptecznym i „badania powiązań własnościowych między przedsiębiorcami” stanowiłoby nadmierną ingerencję ustawodawcy w swobodę działalności gospodarczej (Kieszkowska i Łojko, 2004).

Przepisy kompetencyjne (takie jak art. 37ap i art. 99 Pf), zdają się argumentować wyżej przywołani przedstawiciele doktryny, powinny podlegać zawężającej wykładni, a rzekoma kompetencja WIF do cofnięcia zezwolenia w przypadku przekroczenia przez przedsiębiorców progów z art. 99 Pf powinna być wyrażona „wprost” (Misiak, 2015).

Kompetencje WIF szeroko rozumiane
Za pozytywną odpowiedzią na pytanie o możliwość cofania zezwolenia aptecznego przez inspekcję farmaceutyczną w wyniku przekroczenia progu z art. 99 Pf opowiadał się w przeszłości resort zdrowia oraz niedawno – Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w wyroku wydanym w odpowiedzi na zaskarżenie uchwały Naczelnej Rady Aptekarskiej.

Podstawowym argumentem za szerokim rozumieniem kompetencji WIF wydaje się właśnie intencja ustawodawcy – skoro nie chciał on dopuścić do nadmiernej (przekraczającej 1% w województwie) koncentracji udziałów rynkowych w rękach jednej grupy kapitałowej, możliwość „obchodzenia” progów z art. 99 Pf poprzez zwiększanie udziału rynkowego na skutek akwizycji (a nie „organicznego” otwierania nowych aptek) nie powinna być dopuszczalna i stanowić może (lub musi) podstawę do odebrania zezwolenia na gruncie art. 37ap Pf.